בית הקברות היהודי העתיק במרכז וילנה ניצל מחילול והריסה. עיריית וילנה תכננה לבנות מרכז ירידים וכנסים בינלאומי על שטח בית הקברות שיניפישוק (Shnipishok).
שיניפישוק היתה עיירה יהודית, וכיום היא פרבר בתוך העיר וילנה שהתרחבה. בית העלמין היהודי של שיניפישוק הוא בן כ500 שנה, בו קבורים אלפי נפטרים יהודים ובהם גדולי חכמי ירושלים דליטא לדורותיהם. בבית עלמין זה קברו בקומות, מפאת דוחק מקום. המקום מהווה מוקד משיכה לתיירים מהציבור הדתי.
המצבה הראשונה שהיתה קיימת עד כיבוש הנאצי, היתה של הגאון רבי מאניש חיות, אב"ד ווילנה, שנפטר בשנת שצ"ו. כמו כן נשתמרו מצבותיהם של הגאון בית הלל שנת (תס"ו) ורבי אליהו קרמר (ת"ע). עוד רב מפורסם שטמון שם הוא רבי אברהם דנציג, מחבר הספר "חיי אדם". שם נקבר גם האפר של גר הצדק אברהם בן אברהם, פולני בן אצולה הידוע בשמו המקורי "הגראף ולנטין פוטוצקי". הוא התגייר באמסטרדם וחזר לליטא, שם למד בישיבה של הגאון מווילנה. משפחתו חיפשה אותו, וניסתה להחזירו לחיק הנצרות בעינויים קשים. לבסוף הוא הועלה על המוקד, וקפץ אל האש בקריאת "שמע ישראל".
בתקופת השלטון הסובייטי בשנות ה70 הרסו את רוב שטח בית הקברות, כדי לבנות עליו בתי מגורים, איצטדיון, ו"ארמון הספורט הסובייטי", שנקרא כיום "ארמון וילנה לקונצרטים וספורט".
לקראת התחלת הבניה העבירו את עצמותיו של הגאון מווילנה ועוד 6 רבנים חשובים לבית הקברות היהודי החדש בסלטונישקס. קברים שהיו מחוץ לאזור הבניה נשארו במקומם. המצבות של היהודים נלקחו לבניה, ועד היום ניתן לראות בווילנה חלקי מצבות עבריות שהעיריה עקרה ממדרכות ואבני שפה בעיר.
לפני 4 שנים פורסמו תוכניות בניה חדשות להקמת מרכז כנסים על חלקות אחדות שנותרו בשטח בית העלמין היהודי. זאת באישור תמוה של 'הוועד להצלת בתי עלמין באירופה' בלונדון. ההכרזה עוררה התנגדות עולמית. נאספו כ50,000 חתימות נגד התוכנית, והפגנות מול משרדי האיחוד האירופי. בין החותמים על העצומה היו גם ישראלים רבים, וגם יהודים אמריקאים משפחות של יוצאי ליטא. לכן גם משרד החוץ האמריקאי התגייס בחודש פברואר 2021 להגן על כבוד המתים היהודיים. לועד ההצלה הצטרפו גם שגריר ישראל בליטא, יוסי לוי, ושגריר ארה"ב בליטא, רוברט גילקריסט.
לפני כשנה החלו העבודות בחפירת קברים צאצאי הטמונים בבית הקברות, והוגשו לבית המשפט עתירות למתן צו הפסקת העבודות. לא ידוע מה החליט בית המשפט, ואם כבר נתן פסק דין, אבל היזמים מצפצפים וממשיכים לחפור קברים לצורך יציקת יסודות למבנים החדשים.
ההחלטה החשובה להפסיק את חילול הקברים היהודיים ניתנה לאחרונה בהוראה ישירה של ראש ממשלת ליטא, אִינְגְּרִידָה שִׁימוֹנִיטֶה Ingrida Šimonytė, שנבחרה לראשות הממשלה לפני כעשרה חודשים. הגברת שימוניטה התנגדה לחילול הקודש כבר בתפקידה הקודם כשהייתה שרת האוצר של ליטא, אבל אז לא הצליחה. הגברת שימוניטה נחשבת אוהדת ישראל, ודוחפת להידוק הקשרים התרבותיים עם ישראל. היא הורתה גם לקדם את התיירות מישראל, ולטפח עוד אתרי מורשת יהודיים בליטא.
ליטא יכולה להיות "מכרה זהב" לתיירות יהודית. בליטא צמח הזרם ביהדות של תורת המוסר וההתנגדות לתנועת החסידות, ואף נתן ל"מתנגדים" את השם "ליטאים". במדינת ישראל ישנם כיום מאות ישיבות ובתי ספר שמתגאים להיקרא "ליטאים", וחלקן נושאות עד היום את שמות הישיבות שפעלו בליטא. "ישיבת חברון" בשכונת גבעת מרדכי בירושלים נחשבת מהגדולות והחשובות בעולם היהודי. למעשה, היא נוסדה בליטא בשם ישיבת "כנסת ישראל", ונקראת גם "ישיבת סלובודקה" כי נוסדה בעיירה סלובודקה, שהיום היא חלק מהעיר קובנה. הישיבה עברה לחברון, ואחרי פרעות תרפ"ט לירושלים. בליטא פעלו עוד ישיבות גדולות וחשובות, כמו ישיבת טלז, וישיבת קלם. בליטא חי רבי ישראל סלנטר, מייסד תורת המוסר.
